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亲和层析是一种非常有效的蛋白质纯化方法。其分离机制是基于蛋白质和某些特定分子具有特异性的相互作用。除了生物特异性配套外（如酶底物、抗体、受体等），一些俗称为类生物配体（如凝集素、染料）的物质也用在亲和层析中，而在固定化的金属离子上进行的类亲和层析在蛋白质和多肽的分离纯化工作中越来越重要。亲和层析的选择性和效率极高。